ピリオドで始まるファイル名を含むプロジェクトに subversion を使用しています。これは、これらのファイルをリポジトリに追加/削除しようとすると発生します。
$ svn delete CRM/Core/DAO/.listAll.php
svn: Use --force to override this restriction
svn: 'CRM/Core/DAO/.listAll.php' is not under version control
$ svn add CRM/Core/DAO/.listAll.php
svn: warning: 'CRM/Core/DAO/.listAll.php' is already under version control
なぜこうなった?