EE2 でアップロード先を作成する場合、「許可されているファイル タイプ」ドロップダウンにさらにオプションを追加することができますhttp://expressionengine.com/user_guide/cp/content/files/file_upload_preferences.html#allowed-file-types「ALL」または「Image」の2つのオプションしかありません。フロントエンドの PDF アップロードを作成して「すべて」オプションを選択する必要がある場合、これは少し安全ではないようです。
ファイル グループを作成し、適切な MIME タイプを選択できれば理想的です。