私の無知をお詫びしますが、私の期待はこれがうまくいくことです:
from google.appengine.ext import ndb
from models import myModels
delete_futures = []
delete_futures.append(ndb.delete_multi_async(myModels.Kind1.query().fetch(999999, keys_only=True)))
delete_futures.append(ndb.delete_multi_async(myModels.Kind2.query().fetch(999999, keys_only=True)))
ndb.Future.wait_all(delete_futures)
ただし、「TypeError:リストオブジェクトはハッシュできません」をスローします。