サブフォルダー内に別のサイトがあるサイトがあります。たとえばwww.domain.com、サブフォルダーはwww.domain.com/uk/. どちらにも重複ファイルが含まれているため、.htaccessファイルも同じです。問題は、サブフォルダー.htaccess内のユーザーをuk同じディレクトリ内のファイルにリダイレクトすると、重複した名前の親サイト内のファイルにリダイレクトされることです。
これは、.htaccess ファイルで使用したルールです。
RewriteRule ^category/[a-zA-Z0-9_-]+/([a-zA-Z0-9_-]+)/([a-zA-Z0-9_-]+)/([a-zA-Z0-9_-]+)/$ final_final.php
私は mod_rewrite の経験があまりありません。