2つのキャンバス要素を使用して目的を達成できます。1つを操作用に描画し、次にそのキャンバスを2つ目に描画して、回転を適用します。
var canvas1 = document.createElement('canvas'),
canvas2 = document.createElement('canvas'),
ctx1 = canvas1.getContext('2d'),
ctx2 = canvas2.getContext('2d');
/// use ctx1 to perform whatever manipulation you want, and then...
/// start
ctx2.save();
/// shift our "hotspot" to the center
ctx2.translate(canvas2.width / 2, canvas2.height / 2);
/// rotate 45 degrees clockwise.. obviously you can do what you want here
/// scale, fade, flip, stretch, rotate... whatever
ctx2.rotate(Math.PI / 4);
/// draw your first canvas with it's manipulated image on to the second
/// along with it's rotation
ctx2.drawImage( canvas1, 0,0 );
/// all done
ctx2.restore();
上記の方が扱いやすいと思いますが、以下を使用することもできます。これにより、canvas要素の現在の画像データが取得/戻されます。
ctx.getImageData();
ctx.putImageData();
これらの使用方法については、こちらをご覧ください。
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/HTML/Canvas/Pixel_manipulation_with_canvas
http://www.w3schools.com/html5/canvas_getimagedata.asp