ステージを透明に設定してみてください。
import javafx.application.Application;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.scene.layout.VBox;
import javafx.scene.text.Font;
import javafx.scene.text.Text;
import javafx.stage.Stage;
import javafx.stage.StageStyle;
public class TransparentStage extends Application {
@Override
public void start(Stage stage) {
// important line
stage.initStyle(StageStyle.TRANSPARENT);
Text text = new Text("Transparent!");
text.setFont(new Font(40));
VBox box = new VBox();
box.getChildren().add(text);
final Scene scene = new Scene(box,300, 250);
scene.setFill(null);
stage.setScene(scene);
stage.show();
}
public static void main(String[] args) {
launch(args);
}
}