VS2012 (および以前のバージョン...) では、プロジェクトをビルドするときにターゲット プラットフォームを指定できます。ただし、私の理解では、C# は CIL に「コンパイル」され、ホスト システムでの実行時に JIT コンパイルされます。
これは、ターゲット プラットフォームを指定する唯一の理由は、ユーザーが特定のアーキテクチャでソフトウェアを実行することを意図的に制限すること、またはアプリケーションを 64 ビット マシンで 32 ビットとして実行することを強制することであるということですか? ホスト アーキテクチャでジャスト イン タイムが発生する CIL --> ネイティブ ステージで発生すると推測するため、最適化に関係しているとは思えません。
この MS リンクは代替の説明を提供していないようであり、たとえば、同じアプリケーションの個別の 32/64 ビット バージョンをリリースする必要があるという事実の示唆を見つけることができません。最適化は JIT 段階で適用されます。