こことここのヒントを組み合わせてバッチで実行することにより、同様の問題の解決策をまとめました。おおよそのコードは次のとおりです (分離されたマシンから再入力)。
#assuming you have a list of IDs you want to match in vIDs and an RODBC connection in mycon
#queries that don't change
q_create_tmp <- "create table #tmptbl (ID int)"
q_get_records <- "select * from mastertbl as X join #tmptbl as Y on (X.ID = Y.ID)"
q_del_tmp <- "drop table #tmptbl"
#initialize counters and storage
start_row <- 1
batch_size <- 1000
allresults <- data.frame()
while(start_row <= length(vIDs) {
end_row <- min(length(vIDs), start_row+batch_size-1)
q_fill_tmp <- sprintf("insert into #tmptbl (ID) values %s", paste(sprintf("(%d)", vIDs[start_row:end_row]), collapse=","))
q_all <- list(q_create_tmp, q_fill_tmp, q_get_records, q_del_tmp)
sqlOutput <- lapply(q_all, function(x) sqlQuery(mycon, x))
allresults <- rbind(allresults, sqlOutput[[3]])
start_row <- end_row + 1
}