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このような状況があります: 遺伝子で構成される 1000 のランダム リスト (ここでは 4 つのランダム リストのみが報告されています) を作成しました。このリストの中でいくつの遺伝子が変異しているかを調べました。ここでは、変異遺伝子が Mutated_genes 列に報告されています。それは単なるカウントです。期待値は p = 0.02 (p 列) です。

DFR 

Mutated_genes    Tot         p
      29         1600        0.02
      27         1600        0.02
      30         1600        0.02
      8          1600        0.02

カイ二乗検定を実行したいと思います。そのために、次のコードを使用しました。

prop.test(DFR$Mutated_genes, p = DFR$p, DFR$Tot, alternative="two.sided", conf.level=.99)

問題は、行列全体でカイ二乗を実行することです。実際のところ、出力は次のとおりです。

X 2 乗 = 10009.67、df = 1000、p 値 < 2.2e-16
対立仮説: two.sided

行ごとにカイ二乗値を取得したいので、観測ごとに。これはどのように行うことができますか？

前もって感謝します。

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これを試して：

apply(DFR$Mutated_genes, 1, function(x) prop.test(x[1], p = x[3], x[2], 
      alternative="two.sided", conf.level=.99))

これがうまくいくことを願っています。

于 2012-10-10T10:19:26.740 に答える