System.IO.BinaryReaderを使用してバイナリファイルを読み込む場合、マルチバイトのReadメソッドを使用しても、バイト順序は影響を受けないようです。
BinaryReader br = new BinaryReader(fs, System.Text.Encoding.BigEndianUnicode);
と
BinaryReader br = new BinaryReader(fs, System.Text.Encoding.Unicode);
私のために同じ結果を生み出しています。
データ構造を読み込んでいる間、常にバイト順序を逆にする必要があるため、これは私に多くのフラストレーションを引き起こしています。
これを.NET3から4.5でテストしました