r - Rで示差的に発現する遺伝子

Question

I have the matrix in the following format :


ID_REF      GSM362180    GSM362181  GSM362188    GSM362189  GSM362192
244901_at   5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902_at   5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903_at   5.412329253 5.352970877 5.06250609  5.305709079 8.365082403
244904_at   5.529220594 5.28134657  5.467445095 5.62968933  5.458388909
244905_at   5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906_at   5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836

上記のマトリックスでは、最初の列は遺伝子 (22810) のリストであり、対応する列は異なるプロモーター (全部で 4 つの異なるタイプ) に対応しています。このような場合、どのようにして差次的に発現する遺伝子を見つけることができるでしょうか??

t 検定を使用して、DEG を識別したいと考えています。2つの条件（コントロールと治療など）の場合、Rのmulttestパッケージを使用してDEGを見つけることを知っています。しかし、4 つの異なるタイプのプロモーターを使用して、DEG を特定する方法がわかりません。

Answer 1

limma各種マイクロアレイの微分発現にパッケージをご利用ください。バイオコンダクターの ランディングページで（インストール手順とともに）利用できる優れたビネットがあります。を使用している場合は、 Bioconductorメーリングリストlimmaで質問をフォローアップしてください(ただし、必要に応じて、最初にビネットを読み、統計の知識のある人に相談してください.