スクリプトが終了するまですべての cgi 出力をバッファリングする Ubuntu (11.04 および 12.04) の apache2 に問題があります。Centos/rhel 6.2 apache2 で同じスクリプトを実行すると、正常に実行されます。
#!/usr/bin/perl
$|=1;
print "Content-type: text/html\r\n\r\n";
print "hi..";
sleep 1;
print "hi..";
sleep 1;
print "hi..";
sleep 1;
mod_deflate が無効になっていることを確認しました。
また、これは単なる perl の問題ではありません。bash で記述された同じ cgi スクリプトは、Ubuntu VS centos/rhel でも同じように動作します。