次の形式の rma 正規化行列があります。
ID_REF GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192
244901 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903 5.412329253 5.352970877 5.06250609 5.305709079 8.365082403
244904 5.529220594 5.28134657 5.467445095 5.62968933 5.458388909
244905 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836
ここで、異なる列は 4 つの異なるタイプのプロモーターに対応し、4 つのプロモーターのそれぞれに生物学的複製があるため、合計で 8 つの列があります。
Limma パッケージを使用して、いくつかのプロモーター間で差次的に発現する遺伝子を見つけようとしました (複製を使用)。
これは私が使用したコードです：
Group <- factor(c("p1", "p1", "p2", "p2", "p3","p3","p3","p4","p4"), levels = c("GSM362180","GSM362181","GSM362188","GSM362189","GSM362192","GSM362193","GSM362194","GSM362197","GSM362198"))
design <- model.matrix(~0 + Group)
colnames(design) <- c("GSM362180","GSM362181","GSM362188","GSM362189","GSM362192","GSM362193","GSM362194","GSM362197","GSM362198")
fit <- lmFit(modified, design)
ここで、modified は、上記の形式で入力された rma 正規化データ行列です。次のエラーが表示されます。
Coefficients not estimable: GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192 GSM362193 GSM362194 GSM362197 GSM362198
lmfit(design, t(M)) のエラー: 0 (非 NA) ケース