JavaScriptだけを使用してその実装を変更できるかどうかはわかりません。PhoneGap が動作する方法は、ネイティブ Android コードでオブジェクト ProgressDialog を作成することです。問題は、コンストラクターで ProgressDialog をキャンセル可能に設定していることだと思います。コルドバのソースコードにアクセスすると、それを変更でき、特定の問題の修正が作成されるはずです。
Notification.java の 250 ~ 255 行目のソース コードは、2 番目の true を false に変更します。
Notification.this.spinnerDialog = ProgressDialog.show(cordova.getActivity(), title, message, true, true/*change this to false*/,
new DialogInterface.OnCancelListener() {
public void onCancel(DialogInterface dialog) {
Notification.this.spinnerDialog = null;
}
});
}