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genoset R パッケージには、いくつかの行列と座標を指定する RangedData オブジェクトを組み合わせて GenoSet を構築する機能があります。

次のオブジェクトがあります。すべて同じ名前の 3 つの行列と、次の形式の RangedData オブジェクト (locData と呼ばれます) です。

               space                 ranges |
            <factor>              <IRanges> |
 cg00000957        1 [  5937253,   5937253] |
 cg00001349        1 [166958439, 166958439] |
 cg00001583        1 [200011786, 200011786] |
 cg00002028        1 [ 20960010,  20960010] |
 cg00002719        1 [169396706, 169396706] |
 cg00002837        1 [ 44513358,  44513358] |

しかし、GenoSet を作成しようとすると、次のエラーが発生します。

 DMRSet=GenoSet(locData,Exprs,meth,unmeth,universe=NULL)

.Call2("IRanges_from_integer", from, PACKAGE = "IRanges") のエラー: 値が欠落している整数ベクトルから IRanges オブジェクトを作成できません。

私は何を間違っていますか？まとめているすべてのオブジェクトは同じ行名を持っていますが、IRanges オブジェクト自体は例外です。これは行列ではないため、行名を持っているとは思いません。さらに、locData の「列」には整数以外の文字が含まれています。

ありがとうございました！

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あなた"locData"はRangedData. または、GRanges. いずれにせよ、すべての引数に名前を付ける必要があります。

eSet問題を乗り越えると、基礎となるクラスはそれについて動揺しますlocData。

DMRSet=GenoSet(locData=locData,exprs=Exprs,meth=meth,unmeth=unmeth,universe=NULL)

ピート

于 2012-12-13T03:14:48.253 に答える