自己実装の burrows-wheeler アルゴリズムを使用してファイルを変換すると、ファイルサイズが 59 kB を超えるファイルを読み取ると、プログラムが動かなくなります。基本的に、ターミナルでプログラムを開始しています：
./BW encode 4 < test
ここで、4 は 4*1024 バイトを表します。前に述べたように、ファイル サイズが 59 kB 未満のファイル (生データ、テキスト ファイルなど) を処理する場合、問題は発生しません。
データが処理され、stdout に送信されるコード:
void encodeBlock(unsigned char* str,long length){
unsigned int i, out_rownum;
unsigned char **str_matr, *out_str, *prnt_rt_str2, *prnt_rt_str1;
str_matr = (unsigned char**) calloc(length,sizeof(unsigned char*));
out_str = (unsigned char*) calloc(length+1,sizeof(unsigned char));
// make matrix with rotationstrings of str (by saving pointer to first character)
for(i=0;i<(unsigned int) length;i++){
str_matr[i] = &str[i];
}
// sorting matrix
glob_strt = &str[0];
glob_length = length;
qsort(str_matr,length,sizeof(unsigned char*),strCmpEnc);
out_str[length] = '\0';
for(i=0;i<(unsigned int) length;i++){
prnt_rt_str1 = printRotStr(length,&str[0],str_matr[i]);
prnt_rt_str2 = printRotStr(length,&prnt_rt_str1[0],&prnt_rt_str1[length-1]);
if(memcmp(str,prnt_rt_str2,length) == 0){
out_rownum = i;
}
out_str[i] = prnt_rt_str1[length-1];
}
printf("(%d ",out_rownum);
fwrite((unsigned char*) out_str, 1, length, stdout);
printf(")\n");
free(prnt_rt_str1);
free(prnt_rt_str2);
free(str_matr);
free(out_str);
}
stdin からデータを受け取るコード
void encode(unsigned short int num, unsigned int block_size){
long b_length,length;
unsigned char* buffer;
freopen(NULL, "rb", stdin);
buffer = (unsigned char*) calloc(block_size+1,sizeof(unsigned char));
length = fread((unsigned char*) buffer, 1, block_size, stdin);
if(length == 0){
// file empty
}else{
b_length = length;
printf("##B-W:%ld##\n",length);
while(length == b_length){
buffer[block_size] = '\0';
encodeBlock(buffer,length);
length = fread((unsigned char*) buffer, 1, block_size, stdin);
}
if(length != 0){
printf("##B-W:%ld##\n",length);
buffer[length] = '\0';
encodeBlock(buffer,length);
}
}
free(buffer);
}
行き詰まると、通常は終了し、画面に 'Killed' が表示されます。私はLinux OSに取り組んでいます。
valgrind を使用した結果: プログラムが動かなくなり、システム全体がハングします。システムを手動でシャットダウンする必要があるため、デバッグ結果を確認できません。
更新: ブロックされた読み取り (59kB 以降) の背後にある理由は、多くのメモリ リークが原因でヒープにスペースが残っていなかったためです。私はこの問題を解決し、最終的に読み取りが正常に機能しました。