この jQuery からのページ遷移の例は、Chrome で動作しますhttp://jquerymobile.com/demos/1.0a4.1/docs/pages/#docs-transitions.html
しかし、このコードで自分で試してみると、常にフェード効果が使用されます。Firefox では動作します。これを phonegap でビルドすると、iOS では動作せず、Android でも動作しません。
<head>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<link rel="stylesheet" href="js/jquery/jqueryMobile/jquery.mobile-1.2.0.css" />
<script src="js/jquery/jquery-1.8.2.js"></script>
<script src="js/jquery/jqueryMobile/jquery.mobile-1.2.0.js"></script>
</head>
<body id="body">
<div id="page1" data-role="page">
<a id="my_link" href="#page2" data-role="button" data-transition="slide">
click me
</a>
</div>
<div id="page2" data-role="page">
<div>
page2
</div>
</div>
</body>
jquery モバイル JavaScript ファイルを調べたところ、changepage 関数で $.mobile._maybeDegradeTransition と呼ばれていることがわかりました。この関数は、ブラウザが csstransform3d をサポートしているかどうかをチェックします。Chrome はこれに対して false を返します。常に true を返すようにコードを変更すると、Chrome は単に移行を行います。