これが良い考えかどうかは言えませんが、それは可能です。
ProjectInstanceには、 Create(XmlReader)メソッドを介して構築できるProjectRootElementを受け入れるコンストラクターがあります。ご存知かもしれませんが、XmlReaderはMemoryStreamを含むさまざまなストリームに接続できます。
このようなものは次のようになります。
var xmlReader = XmlTextReader.Create([your existing memory stream]);
var project = ProjectRootElement.Create(xmlReader);
var buildParams = new BuildParameters();
var buildData = new BuildRequestData(new ProjectInstance(project),
new string[] { "Build", "Your Other Target Here" });
var buildResult = BuildManager.DefaultBuildManager.Build(buildParams, buildData);