4.1 のドキュメントでは、FLAC コーデックがサポートされていると記載されています。ただし、コーデックの mediarecorder.encoder リストには FLAC が含まれていません。
出力が..speech-api呼び出しに直接送られるように、16000Mhzでflacにオーディオを録音したい場合、中間フォーマットに録音してからffmpegステップを挿入して、必要なものを正確に取得する以外に何をすべきかわかりません音声 API に送信します。
http://developer.android.com/reference/android/media/MediaRecorder.AudioEncoder.html
上記のリンクにはFLACについての言及はありません。
http://developer.android.com/guide/appendix/media-formats.html
上記のリンクには、4.1 のコア コーデックとして FLAC が含まれています。