カスタムナビゲーションハンドラーのハンドルナビゲーションメソッドhandleNavigation(final FacesContext context, final String fromAction, final String outcome)
がh:linkコンポーネントによって呼び出されませんか?
<h:link value="text" outcome="./target.xhtml?faces-redirect=true">
<f:param name="param" value="#{var.prop}"/>
</h:link>
コマンドボタンを使用すると、それが呼び出されます。