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ニューラル ネットワーク グラフのハード コピー イメージを作成しようとしていますが、何度も失敗します。PNG を作成しようとすると何も生成されず、PDF を生成しようとすると、「ファイルが破損している可能性があります」というエラーで開くことを拒否する小さなファイル出力が得られます。グラフィックウィンドウに表示させるだけで、画像は問題なく表示されます。

Macports によってビルドされた OS X (10.7.4) で 2.15.1 を使用しています。私が現在取り組んでいるコード：

library(ALL)
library(neuralnet)
data(ALL)

ALL.pdat <- pData(ALL)
bt <- factor(substring(ALL.pdat$BT,1,1))
all.sds <- apply(exprs(ALL),1,sd)
top.10.sds <- rank(all.sds)>length(all.sds)-10
exprs.top.10 <- as.data.frame(t(exprs(ALL)[top.10.sds,]))
nn.data <- cbind(exprs.top.10, as.numeric(bt))
##  Gene names start with a number, and that causes problems when trying to set up the
##  formula for neuralnet.
col.names <- paste("g", colnames(nn.data), sep = '')
col.names[11] <- "bt"
colnames(nn.data) <- col.names
my.nn <- neuralnet(bt ~ g36108_at + g36638_at + g37006_at + g38096_f_at + g38319_at + g38355_at + g38514_at + g38585_at + g39318_at + g41214_at, nn.data,  hidden = 10, threshold = 0.01)
summary(my.nn)
pdf("./nn-all.pdf")
plot.nn(my.nn)
dev.off()
png("./nn-all.png")
plot.nn(my.nn)
dev.off()

マシンを再起動して、すべてのメモリがクリアされていることを確認しましたが、何の役にも立ちませんでした。

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簡単な再現可能な例:

pdf("test.pdf")
 set.seed(42)
 plot(runif(20),rnorm(20))
 png("test.png")
  set.seed(42)
  plot(runif(20),rnorm(20))
 dev.off()

ドイツ語の Windows 7 で Adob​​e Reader を使用して PDF を開こうとすると、ファイルが別のアプリケーションで使用されているため、ファイルを開くことができないという有益なエラー メッセージが表示されます。これは簡単に修正できます。

pdf("test.pdf")
 set.seed(42)
 plot(runif(20),rnorm(20))
dev.off() #make sure to close the graphics device
png("test.png")
 set.seed(42)
 plot(runif(20),rnorm(20))
dev.off()

編集：

問題はplot.nn. パッケージにパッチが適用されるまでは、この回答plot.nnに示されているように手動で再定義する必要があります。

于 2012-10-22T13:40:04.657 に答える