R の発現差解析を行うためのステップ 1 として、genefilter を使用しています。
私はpOverA関数を使用するだけでなく、使用する前にフィルター関数を設定していますgenefilter()(バイオコンダクターのチュートリアルを見てきました)。
miRNA Expression データにNAs またはNaNs がありません。これは、正規化されたログ データで構成され、0その間に値が散りばめられています。
式データの eset を作成してから、次の操作を行います。
ff1<-pOverA(0.2,-3.2,na.rm=TRUE)
ff2<-function(x) IQR(x) > 0.2
ff<-filterfun(ff1,ff2)
実行するgenefilter( exprs(miREset), ff)とエラーメッセージが表示されます：
quantile.default(as.numeric(x), c(0.25, 0.75), na.rm = na.rm, のエラー: 'na.rm' が FALSE の場合、値が欠落しており、NaN は許可されません。さらに: 警告メッセージ: In quantile(as.numeric(x), c(0.25, 0.75), na.rm = na.rm, names = FALSE, : 強制によって導入された NA
なぜこれが起こっているのかを理解するために多くの時間を費やしました. 私はRにかなり慣れていません。