jsch でコマンドを発行しcd ../ && pwd、結果が/home次の場合。次回コマンドを実行すると、 lsjsch の内容が出力されます。私は/homeそう期待しています..
Channel channel=session.openChannel("exec");
((ChannelExec)channel).setCommand("cd ../ && pwd");
channel.connect();
channel.run();
((ChannelExec)channel).setCommand("ls");