MSDN サイトのこちらの手順を使用してデータベースをセットアップしました。これには、最初にデータベースを作成してから、それをプロジェクトに追加することが含まれます。
次に、データベースを開くときのデータ ソースで、「Data Source=|Applicatoin Data | + filename.sdf」のようなものを使用しましたが、これを使用すると、アプリを起動してデータをロードしましたが、できませんでしたプロジェクトの外部で作成したローカル データベースのデータを参照してください (リンク先のチュートリアルで説明されているように)。これは、最初にデータベースを作成したときに作成された .sdf ファイルにハードコーディングした場合にのみ機能します。
これをビルド間でデータがデータベースにとどまる相対パスにする方法に関する情報が見つからないようです。