http://jsfiddle.net/rCGSB/4/を参照してください。
YouTube iframe apiのメソッドを使用するseekToと、iPad3を使用するiOS6のモバイルSafariでは機能しません。
ビデオは最初から再生を開始します。ビデオが再生されると、seekToメソッドが機能します。ただし、seekToメソッドのhttps://developers.google.com/youtube/iframe_api_reference#Playback_controlsに記載されているように、次のようになります。
「ビデオ内の指定された時間にシークします。関数が呼び出されたときにプレーヤーが一時停止された場合、一時停止されたままになります。関数が別の状態（再生中、ビデオキューなど）から呼び出された場合、プレーヤーはビデオを再生します。」
したがって、ビデオは、再生されていなくても、指定された時間に再生を開始する必要があります。そして、私はクリックを操作しているので、モバイルSafariで無効にされた自動再生は問題ではないはずです。
テストしたすべてのデスクトップブラウザ（FF、Safari、Mac OSのChrome）で正常に動作します。
これはiOSでまったく機能しますか？フィドルを自由に編集および更新してください。