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マルチセットの値をカウントする方法は？データセットがあり、度数分布表の関数を作成したいと思います。これで、データにどの異常が存在するかがわかります。データは配列であり、次のようになります。

             GSM288217   GSM288219 GSM288221
ch1_500001   NA          NA        NA       
ch1_1500001  "Imbalance" "Balance" "Balance"
ch1_2500001  "Imbalance" "Balance" "Balance"
ch1_3500001  "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_4500001  "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_5500001  "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_6500001  "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_7500001  "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_8500001  "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_9500001  "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_10500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_11500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_12500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_13500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_14500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_15500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_16500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_17500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_18500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"
ch1_19500001 "Imbalance" "LOH"     "Balance"

ここで、特定の異常がデータにどの程度存在するかを行ごとにチェックする関数が必要です。私は始めました：

detection<- function(abnormality) {
  freqcount<-rep(0,nrow(abnormality))
  if(assayDataElement(abnormality, 1)=="LOH")#TRUE & FALSE?? Need frequency
    {freqcount<-freqcount+1
     }          
  return(freqcount)

}

したがって、データの行にLOHが存在するたびに、その行に存在するLOHの数を示す必要があります。

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私はあなたが必要だと思います

length(which(assayDataElement(abnormality, 1)=="LOH"))

または行ごとに個別に：

count <- function(x,what) length(which(x==what));
apply(assayDataElement(abnormality, 1),1,count,"LOH");
于 2012-10-25T12:25:29.697 に答える