コメント内でマークダウンを使用することが可能であり、doxygen がそれを理解できることを私は知っています。しかし、ドキュメントをマークダウン形式で生成できるかどうかを知る必要がありますか?
これらのドキュメントを C++ ファイルから生成する必要があります。
私はこの質問が古いことを知っていますが、利用可能な新しいツールがあるようです: https://www.npmjs.com/package/doxygen2md
直接それを行うものは知りませんが、doxygen にはXML ジェネレーターを使用して XML ドキュメントを出力する機能があります。
上記の XML データを使用して変換できるさまざまなプロジェクトがあります。私が知っている最も単純なものの 1 つは、XML ドキュメントを、Sphinxが doxygen を使用してドキュメントを出力するために使用できるものに変換するために使用されるBreatheです。いわばプリプロセッサ。
Breathe のコードは、Sphinx が必要とする ReStructuredText ファイルの代わりに Markdown ファイルを生成するための開始点として使用するのに十分単純です。Breathe のコードは見ていませんが、いくつかの主要なプロジェクトで使用しています。