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約 4000 行と 100 列の data.matrix があります。次のようなデータのヒートマップを作成しています。

data<-heatmap(data_matrix,Rowv=NA,Colv=NA,col=cm.colors(256),scale="column",margins=c(5,10))

しかし、私が得た問題は、列に表示されるラベルがグループ化されすぎているため、正しく視覚化できないことです。列のラベルの値を確認できるように、ヒートマップのサイズを変更するにはどうすればよいですか? PDFで印刷しようとしましたが、黒い縞模様しか表示されません。ありがとう

ヒートマップの図を含めています。見たい部分は右側のラベルですが、それらが近すぎます。 ここに画像の説明を入力

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まず第一に、出力を PDF ファイルに直接出力する方が良いです。他の画像形式を使用することもできますが、ベクトル出力であり、必要なだけズームできるため、PDF が最適です。

pdf("Your-file.pdf", paper="a4", width=8, height=8)

pheatmapそれなら( = pretty heatmap) パッケージを使ったほうがいいです。ヒートマップ以外にカラーキーを使用すると、より優れたヒートマップが作成されます。最後に、pheatmap()関数は多くの行があるときにラベルのサイズを縮小しようとしますが、非常に多数の行では失敗します。したがって、以下のコードを使用して、行数が非常に多くなりますが、高すぎません。

library(pheatmap)   
library(gplots)
if (nrow(table) > 100) stop("Too many rows for heatmap, who can read?!")
fontsize_row = 10 - nrow(table) / 15
pheatmap(table, col=greenred(256), main="My Heatmap", cluster_cols=F, 
         fontsize_row=fontsize_row, border_color=NA)

fontsize_col列ラベルを変更できます。display_numbersヒートマップのセル内に値を入れるなど、多くの興味深いオプションがあります。ただ読んでください?pheatmap。

pheatmap()これは、コマンドのデフォルト パラメータによって生成される例です。

ここに画像の説明を入力

最後に、行が多すぎるとディスプレイ上では読みやすくなりますが、印刷には役に立たないことに注意してください。

于 2012-10-26T23:52:17.877 に答える
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Rstudio では、グラフィック ウィンドウのサイズを簡単に変更できます。Rgui でも同じことが言えます。または、プロットをファイルに保存する場合はwidth、グラフィックに大きなサイズを使用できます。heightpdfpng

于 2012-10-26T14:09:45.993 に答える