「正しい方法」と、ある方法が別の方法よりも「優れている」かどうかについては、常に議論があります。あなたの質問にはいくつかの「依存する」側面もあります。
そうは言っても、C#はWindowsアプリケーションを開発するためのよく知られたテクノロジーであり、mysqlはアプリケーションにデータベース機能を追加する手段を提供するので、順調に進んでいます。(あなたの研究を信頼してください:)。
さまざまなソースからデータを取得するマルチユーザーアプリケーションを開発する予定ですか?このためには、データベースをアプリケーションやネットワーク/インターネットアクセスなどに個別に展開することを検討する必要があります。また、この場合は、SQLサーバーなどのより堅牢なデータベースソリューションを検討することをお勧めします。このデータベースにはいくつかのバージョンがあります(詳細については、http ://www.sqlmag.com/article/sql-server-2012/sql-server-2012-editions-142261を参照してください)。
アプリケーションをスタンドアロンにする場合は、アプリケーション内にmysqlのインスタンスをデプロイすることはできますが、フットプリントが小さいもの(sql servercompactまたはsqlliteなど)を検討することをお勧めします。
hth