私が書いたプログラムをデバッグしようとしています。私はそれを内側に走らせ、なんとか内側からgdbをキャッチしました。これがどのように発生するかについて、私は完全に混乱しています。それはバグの可能性がありますか??SIGABRTcalloc()gcclibc
詳細: 私のプログラムは OpenMP を使用しています。valgrindエラーなしでシングルスレッドモードで実行しました。mmap()私は 40GB のファイルをロードするためにも使用しますが、それが関連しているとは思えません。内部gdbでは、30 スレッドで実行しています。問題のあるものをキャッチするまで、いくつかの同一の実行（同じ入力とCL）が正しく終了しました。表面的には、これはある種の競合状態が存在する可能性があることを示唆しています。しかし、それは私のSIGABRT手に負えないところから来てcalloc()います。関連するgdb出力を次に示します。
(gdb) info threads
[...]
17 Thread 0x7fffec450700 (LWP 73455) 0x00007ffff6b3ce00 in __read_nocancel () from /lib64/libc.so.6
16 Thread 0x7fffece51700 (LWP 73454) _mm_slli_si128 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=50, read=<value optimized out>, rlen=36, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1155
14 Thread 0x7fffee253700 (LWP 73452) 0x000000000041183e in _mm_prefetch (re=0x7fff291c0f10, st=1, options=0x632014) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/xmmintrin.h:1193
13 Thread 0x7fffeec54700 (LWP 73451) 0x00007ffff6ae5c84 in __memset_sse2 () from /lib64/libc.so.6
12 Thread 0x7fffef655700 (LWP 73450) _mm_cmpeq_epi16 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=33, read=<value optimized out>, rlen=24, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1263
* 11 Thread 0x7ffff0056700 (LWP 73449) 0x00007ffff6a948a5 in raise () from /lib64/libc.so.6
10 Thread 0x7ffff0a57700 (LWP 73448) _mm_sub_epi16 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=36, read=<value optimized out>, rlen=26, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1046
5 Thread 0x7ffff3c5c700 (LWP 73443) 0x000000000041183e in _mm_prefetch (re=0x7fff28615010, st=1, options=0x632014) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/xmmintrin.h:1193
2 Thread 0x7ffff5a5f700 (LWP 73440) 0x000000000041e4cd in _mm_max_epi16 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=29, read=<value optimized out>, rlen=21, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1331
1 Thread 0x7ffff7fdcae0 (LWP 73437) 0x00007ffff6ae5cff in __memset_sse2 () from /lib64/libc.so.6
[...]
(gdb) thread 11
[Switching to thread 11 (Thread 0x7ffff0056700 (LWP 73449))]#0 0x00007ffff6a948a5 in raise () from /lib64/libc.so.6
(gdb) bt
#0 0x00007ffff6a948a5 in raise () from /lib64/libc.so.6
#1 0x00007ffff6a96085 in abort () from /lib64/libc.so.6
#2 0x00007ffff6ad1fe7 in __libc_message () from /lib64/libc.so.6
#3 0x00007ffff6ad7916 in malloc_printerr () from /lib64/libc.so.6
#4 0x00007ffff6adb79f in _int_malloc () from /lib64/libc.so.6
#5 0x00007ffff6adbdd6 in calloc () from /lib64/libc.so.6
#6 0x000000000040e87f in my_calloc (re=0x7fff2867ef10, st=0, options=0x632020) at gmapper/../gmapper/../common/my-alloc.h:286
#7 read_get_hit_list_per_strand (re=0x7fff2867ef10, st=0, options=0x632020) at gmapper/mapping.c:1046
#8 0x000000000041308a in read_get_hit_list (re=<value optimized out>, options=0x632010, n_options=1) at gmapper/mapping.c:1239
#9 handle_read (re=<value optimized out>, options=0x632010, n_options=1) at gmapper/mapping.c:1806
#10 0x0000000000404f35 in launch_scan_threads (.omp_data_i=<value optimized out>) at gmapper/gmapper.c:557
#11 0x00007ffff7230502 in ?? () from /usr/lib64/libgomp.so.1
#12 0x00007ffff6dfc851 in start_thread () from /lib64/libpthread.so.0
#13 0x00007ffff6b4a11d in clone () from /lib64/libc.so.6
(gdb) f 6
#6 0x000000000040e87f in my_calloc (re=0x7fff2867ef10, st=0, options=0x632020) at gmapper/../gmapper/../common/my-alloc.h:286
286 res = calloc(size, 1);
(gdb) p size
$2 = 814080
(gdb)
関数my_calloc()は単なるラッパーですが、実際のcalloc()呼び出しは正当に見えるため、問題はそこにはありません。シェルで設定されている制限は次のとおりです。
$ ulimit -a
core file size (blocks, -c) 0
data seg size (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority (-e) 0
file size (blocks, -f) unlimited
pending signals (-i) 2067285
max locked memory (kbytes, -l) 64
max memory size (kbytes, -m) unlimited
open files (-n) 1024
pipe size (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues (bytes, -q) 819200
real-time priority (-r) 0
stack size (kbytes, -s) 10240
cpu time (seconds, -t) unlimited
max user processes (-u) 1024
virtual memory (kbytes, -v) unlimited
file locks (-x) unlimited
プログラムはメモリ不足ではなく、256GB が利用可能なマシンで 41GB を使用しています。
$ top -b -n 1 | grep gmapper
73437 user 20 0 41.5g 16g 15g T 0.0 6.6 55:17.24 gmapper-ls
$ free -m
total used free shared buffers cached
Mem: 258437 195567 62869 0 82 189677
-/+ buffers/cache: 5807 252629
Swap: 0 0 0
g++ (GCC) 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)flagsを使用してコンパイルしまし-g -O2 -DNDEBUG -mmmx -msse -msse2 -fopenmp -Wall -Wno-deprecated -D__STDC_FORMAT_MACROS -D__STDC_LIMIT_MACROSた。
編集：私が得る詳細なエラーメッセージは以下の通りです。切り捨てました。表示されていない行は、最後の 5 行に似ています。
*** glibc detected *** /tmp/t/gmapper-ls: corrupted double-linked list: 0x0000000009447380 ***
*** glibc detected *** /tmp/t/gmapper-ls: corrupted double-linked list: 0x0000000009447380 ***
======= Backtrace: =========
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6(+0x75916)[0x7ffff6ad7916]
/lib64/libc.so.6(+0x75916)[0x7ffff6ad7916]
/lib64/libc.so.6(+0x7979f)[0x7ffff6adb79f]
/lib64/libc.so.6(+0x7979f)[0x7ffff6adb79f]
/lib64/libc.so.6(__libc_malloc+0x71)[0x7ffff6adc141]
/lib64/libc.so.6(__libc_calloc+0xc6)[0x7ffff6adbdd6]
/usr/lib64/libgomp.so.1(+0x8502)[0x7ffff7230502]
/usr/lib64/libgomp.so.1(+0x8502)[0x7ffff7230502]
/lib64/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7ffff6b4a11d]
/lib64/libpthread.so.0(+0x7851)[0x7ffff6dfc851]
/lib64/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7ffff6b4a11d]
======= Memory map: ========
00400000-00430000 r-xp 00000000 00:14 927268870 /tmp/t/gmapper
00630000-00631000 rw-p 00030000 00:14 927268870 /tmp/t/gmapper
00631000-2f461000 rw-p 00000000 00:00 0 [heap]
7f749d9be000-7f7e2053b000 r--p 00000000 00:0f 1278724 /dev/shm/hg19-ls
7fff24000000-7fff2727a000 rw-p 00000000 00:00 0
7fff2727a000-7fff28000000 ---p 00000000 00:00 0
7fff285ce000-7fff2c000000 rw-p 00000000 00:00 0
7fff2c000000-7fff2f547000 rw-p 00000000 00:00 0
7fff2f547000-7fff30000000 ---p 00000000 00:00 0
[...]
Edit2 :「自明ではない」場所 (10/30) で停止しているすべてのスレッドのスレッド情報を追加しました。