フォルダへのパブリックアクセスを拒否する最善の方法は何だろうと思っていましたが、サーバー上の他のファイルがそのフォルダにアクセスできますか？
たとえば、私が支払ったテンプレートとスクリプト
public/template/header.html
public/template/paidscript.js
テンプレートフォルダ内のファイルに誰もアクセスしたくないのですが
public/folder/index.php
そしてindex.phpはこのコードを中に入れることができます
<?php include (../tempalte/header.html);
include (../tempalte/paidscript.js); ?>
サーバー上の他のファイルからアクセスできます。