私はJava（そしてそのことについてはstackoverflow）にかなり慣れていないので、オンポイントになるように最善を尽くします。EclipseJunoとJavaSE1.7を使用しています。
実行時に必要なファイルを動的に並べ替えて取得できるデータ構造を作成したいと思います。これらのファイルは、見つかった「場所」またはファイルが属する「タイプ」に応じて処理されるスクリプトになります。たとえば、コマンドラインからのコマンドの処理に関連するスクリプトは「コマンド」スクリプトになります。
瓶の中の「ディレクトリ」は多かれ少なかれ無意味であることを私は学びました、それでそれらの巧妙な使用法は役に立たないことがわかりました。それを機能させるためのいくつかのハックがありますが、私はより堅牢なソリューションが欲しいです。
（次のスレッドの質問と回答を見ました： JARファイル内のファイルを一覧表示するにはどうすればよいですか？現在のJARファイルのディレクトリにファイルを 一覧表示します）
少し考えた結果、これらのファイルを取得する方法を再考する必要があると判断しました。これは、Javaに関する私の圧倒的な知識を考えると、途方に暮れるところです。ぶらぶらとインターネットを飛び回って答えを探しているので、直接質問することにしました。
私の質問はこれです：実行時にそれらを処理したい方法に関連する（スクリプト）ファイルを取得できるようにする意味のあるファイル構造を作成するための最良のアプローチは何ですか？