r - タブ区切りファイルまたはcsvファイルへの書き込み

Question

（CELファイルからの）RMA正規化データがあり、Excelで開くことができるファイルに書き込みたいのですが、いくつか問題があります。

library(affy)
cel <- ReadAffy()
pre<-rma(cel)
write.table(pre, file="norm.txt", sep="\t")
write.table(pre, file="norma.txt")

上記のコマンドを使用して書き込まれたテキストファイルでは、出力が行方向に配置されているため、Excelにエクスポートすると、形式が正しくなくなり、最大行が使い果たされると多くの情報が切り捨てられます。出力は次のようになります。次の方法：

GSM 133971.CEL 5.85302 3.54678 6.57648 9.45634
GSM 133972.CEL 4.65784 3.64578 3.54213 7.89566
GSM 133973.CEL 6.78543 3.54623 2.54345 7.89767

RのCELファイルからメモ帳またはExcelに適切な形式で書き込む方法は？

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関数を使用して、正規化されたプローブから値を抽出する必要がありexprsます。何かのようなもの：

write.csv(exprs(pre), file="output.csv", row.names=FALSE)

トリックを行う必要があります。

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何が問題なのかよくわかりませんが、「適切な形式」とはどういう意味ですか? Excel は巨大なテーブルに苦労するため、Bioconductor を使用して R で分析を行う方が良い方法である可能性があります。その後、より小さな結果または要約テーブルを Excel にエクスポートできます。

それにもかかわらず、ファイルを列ごとに書き込みたい場合は、次を試すことができます。

write.csv(t(pre),file="norm.txt")

しかし、Excel (少なくとも以前は) は、列よりも多くの行を許可します。

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