プロパティdom.disable_window_flipを false に設定すると、Firefox のメイン ウィンドウの [ウィンドウを上下に移動] オプションを有効にできます。しかし、オーグメンター ウィンドウの場合、そのオプションは有効になっておらず、メイン ウィンドウで window.focus を実行すると、オーグメンター ウィンドウはバックグラウンドになりません。
FirefoxProfile profile = new FirefoxProfile();
profile.setPreference("dom.disable_window_flip",false);
driver = new FirefoxDriver(profile);
augmentedDriver = new Augmenter().augment(driver);
((JavascriptExecutor)driver).executeScript("window.focus()");