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私は次の方法でデータマトリックスを持っています:

ID_REF GSM362180    GSM362181  GSM362188    GSM362189  GSM362192
244901 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903 5.412329253 5.352970877 5.06250609  5.305709079 8.365082403
244904 5.529220594 5.28134657  5.467445095 5.62968933  5.458388909
244905 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836

同様のプロモーターを見つけるために列ごとにクラスター化したいと思います(列はプロモーターを表し、行は遺伝子を表します)。以前に pv clust を使用してそれを行いましたが、より詳細なクラスタリングが必要です (おそらく階層型でしょうか?)。列がどの程度集まっているかを知りたいです。合計で 20 の列と 22810 の遺伝子があります。

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グーグルで検索するR clusteringと、多くの興味深い結果が得られます。オプションはhclust. このリンクも興味深いかもしれません。

于 2012-11-01T11:01:05.160 に答える