私はあなたが説明していることを正確に行いました。SConstructおよび/またはSConscriptスクリプトが一般的なPythonコードをインポートするだけの場合、Pythonコードに適切なSConsモジュールをインポートする以外に、特別なことは何もする必要はありません。
一方、（コマンドラインからsconsを起動するのではなく）SConsを呼び出すPythonスクリプトがある場合は、さらに多くの作業が必要になります。私はもともとこれを行うことを検討しましたが、後で努力する価値がないと判断しました。