サイズが約1Gbのファイルを処理するためにRを実行し、それをいくつかの小さなファイルにフィルタリングしてから、それらを印刷しようとしています。プロセス全体のさまざまな時点で、次のようなエラーが発生します。
**Error: cannot allocate vector of size 79.4 Mb**
このサイズのベクトルは、私が /すべき/ 使用するメモリの量を考慮すると、問題にならないはずです。私のマシンには 24Gb のメモリがあり、これらの大きなオブジェクトを含む R 環境が稼働している場合でも、その大部分はまだ空いており、上記のエラーが表示されます。
free -m
total used free shared buffers cached
Mem: 24213 2134 22079 0 55 965
-/+ buffers/cache: 1113 23100
Swap: 32705 0 32705
gc() に対する R の応答は次のとおりです。
corner used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 673097 18.0 1073225 28.7 956062 25.6
Vcells 182223974 1390.3 195242849 1489.6 182848399 1395.1
私はUbuntu 12.04.1 LTSで作業しています
私が使用しているマシンのスペックは次のとおりです。
i7-3930K 3.20 GHz Hexa-core (6 Core)12MB Cache
ASUS P9X79 s2011 DDR3-1333MHZ,1600 upto 64GB
32GB DDR3 ( 8x4GB Module )
128GB SSD drive
Asus nVidia 2GB GTX660 TI-DC2O-2GD5 GeForce GTX 660 Ti i
これは、ファイルに書き込もうとしているオブジェクトです:
dim(plant)
[1] 10409404 13
「植物」オブジェクトはクラス「data.frame」です。エラーを表示するコード行の 1 つを次に示します。
write.table(plant, "file.txt", quote=F, sep="\t", row.names=T, col.names=F)
この問題を解決するための助けをいただければ幸いです。