open-source - タンパク質フォールディングのためのオープンソースGPGPUプロジェクト

Question

タンパク質フォールディング用のオープンソースGPGPUプロジェクト（CUDA / OpenCL）を探しています。提案をお願いします。

ありがとう

Answer 1

Folding @ homeは、おそらくこれまでで最大のGPUベースのタンパク質フォールディングプロジェクトです。ですから、おそらく彼らが使用するものは何でも使用するのがよいでしょう：Folding@homeオープンソースFAQ。これは、GromacsとOpenMMのカスタムバージョンのようです。

このようなソフトウェアの完全なリストはここにあります：GPUでの分子モデリング。GROMACS / OpenMMに加えて、注目すべきソフトウェアパッケージには、NAMD（1995年から存在）とACEMDが含まれます。

これらは、分子動力学（経験的ポテンシャル場を使用）、ab-initio（量子力学を使用）、およびハイブリッドに分類できます。これらはいずれもタンパク質フォールディング固有のものではありませんが、分子動力学パッケージのほとんどはタンパク質フォールディングサイズの問題を処理できます。ab-initioパッケージはまだありませんが、近づいています。