私の推測では、新しいプロジェクト (または既存のプロジェクトの新しい xib) を作成し、iPhone 4S 以前でアプリをテストしていると思います。ただし、デフォルトでは、Xcode 4.5 (またはそれ以降) は、より背の高い画面を持つ iPhone 5 用のサイズのトップレベル ビューを持つ新しい iPhone xib を作成します。小さい画面のデバイス (またはそのようなデバイスとして構成されたシミュレーター) でアプリを実行すると、トップレベル ビューが収まるように縮小され、サブビューのサイズが変更されます。
自動レイアウトを使用していない場合は、ビューの幅と高さが固定され、左マージンと下マージンが柔軟になるように、サブビューのスプリングとストラットを変更できます。
自動レイアウトを使用している場合は、サブビューの制約を変更して同じことを行う必要があります。
Xcode が xib でトップレベル ビューを表示するサイズを変更する場合は、ビュー (または xib にある場合はそのビュー コントローラー) を選択します。次に、[表示] > [ユーティリティ] > [属性インスペクター] を選択します。Attributes Inspector (Xcode ウィンドウの右側) の Simulated Metrics セクションで、Size ポップアップを Retina 3.5 Full Screen に変更します。
これを行う場合、スプリングとストラットまたは制約を修正しないと、iPhone 5 でアプリを実行すると逆の問題が発生することに注意してください。トップレベル ビューが引き伸ばされます。画面に合わせて、サブビューのサイズを大きく変更します。