ubuntu 12.10にopencvをインストールするときに、ソースレベルのデバッグを実現しようとしています。私はcmake-guiを使用して、ソースフォルダーからmakefileを生成します。設定してみました
CMAKE_BUILD_TYPE : Debug;
make make install
.so libsとincludeファイルを適切な場所に取得しますが、Eclipseで「ステップイン」すると、デバッガーはソースコードにステップインするのではなく、ステップオーバーするだけです。
ところで、Windowsでは、コードをデバッグライブラリ（cvcore242d.libなど）にリンクすることでこれを管理しました。