algorithm - 近隣結合アルゴリズムの出力

Question

近隣結合アルゴリズムを実装しようとしていますが、現時点では、各ステップで正しい長さを計算し、正しい値を出力して、正常に機能しています。

ただし、アルゴリズムの最終出力を取得するのに苦労しています。グラフとして視覚的に表現したいので、計算されたマトリックス表現全体を出力する必要があります。アルゴリズムのメイン ループを反復するたびに、アルゴリズムの開始点に戻るノードのサブグループを取得しますが、このサブグループを使用できるとは思えません。実際には使用できない冗長な情報が含まれているからです。最終表現で が必要かどうかを指定します。

私はここでこのアルゴリズムを使用しています: http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining#The_algorithm どんな助けも素晴らしいだろうし、必要に応じてより多くの情報を提供することができます, ありがとう.

Answer 1

あなたが提供したリンクを読みましたが、あなたがその情報を必要としているように思えます。

アルゴリズムの各ステップで 2 つのノードが 1 つにマージされ、すべてがマージされるまで距離行列が小さくなります。マージするノードから結果のノードまでの距離を覚えておく必要があります。A と B をマージすると、距離行列の列/行が新しいノード u に属する列/行に置き換えられます。A と B から u までの距離を覚えておく必要があります。

すべてがマージされた後、接続する必要があるすべてのノードのすべての距離が得られ、視覚化を開始できます。