ハードウェアアクセラレーションをオンにして、ie9 と Mozilla で次のサンプルを実行しました。
http://mrdoob.github.com/three.js/examples/canvas_geometry_earth.html
IE9 で 15 FPS、Mozilla で 70 FPS を取得しています。このサンプルでは WebGLRenerer を使用していないため、両方のブラウザーで同じパフォーマンスが得られるはずです。では、違いは何ですか？
両方のブラウザでハードウェア アクセラレーションが有効になっていることを確認しました。