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非常に大きなファイルがいくつかあり、サーバーに十分なスペースがありません。さらに、これらのファイルを解凍するのに非常に時間がかかるため、関数への入力としてzcatを使用したいと思っていましたか？

私が使っているのは

$ zcat file1 | samtools view -bS > outputfile

file1はzipファイルであり、outputfileは明らかにsamtoolsのview関数の出力です。samtoolsへの入力は通常-bSと>の間にあります

私が上に持っているものは機能していません、何か助けはありますか？ありがとう

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ファイルではなく標準の入力から読み取るために、samtoolsの引数として「-」を指定する必要がある場合があります。

zcat file1 | samtools view -bS - > outputfile
于 2012-11-06T14:43:17.453 に答える
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ファイルはzip圧縮されていますか、それともGzip圧縮されていますか？前者の場合、zcatはタスクを実行しません。代わりに、次の構文で解凍する必要があります。

unzip -p file1 | samtools view -bS - > outputfile
于 2012-11-06T14:41:29.700 に答える