r - geom_tile() / geom_raster() で特定のタイルをマークする

Question

次のような data.frame があるとします。

df <- matrix( rnorm(100), nrow = 10)
rownames(df) <- LETTERS[1:10]
molten <- melt(df)
molten$na <- FALSE
molten[ round(runif(10,  0, 100 )), "na" ] <- T
head(molten)

  Var1 Var2      value    na
1    A    1 -0.2413015 FALSE
2    B    1  1.5077282 FALSE
3    C    1 -1.0798806 TRUE
4    D    1  2.0723791 FALSE

ここで、ggplot を使用してタイル (またはラスター) プロットをプロットし、na=TRUE. 現在、マークをポイントとしてプロットします。

g <- ggplot( molten ) +
  geom_raster( aes( x = Var1, y = Var2, fill = value )  ) + 
  scale_fill_gradient2( low = "blue", high = "red", na.value="black", name = "" ) +
  geom_point( aes( x = Var1, y = Var2, size= as.numeric(na) ) )

ただし、次の 2 つの理由から、このプロットはあまり好きではありません。

1. であってもまだ点が描かれていますmolten$na = FALSE。確かに を指定できdata=molten[ molten$na, ]ましたが、実際には別のデータ セットを指定しなくても可能であるはずです。
2. ポイントは好きではありませんが、タイルの周りにフレームやストライプを入れたいと思っています。しかし、これを達成する方法がわかりません。ストライプに使用する場合geom_segment()、 と をどのように指定yendしxendますか?

どんな助けでも大歓迎です。

編集1 ここdputに再現性があります：

structure(list(Var1 = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 
4L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 4L), .Label = c("A", 
"B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J"), class = "factor"), 
    Var2 = c(6L, 6L, 6L, 6L, 7L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 8L, 
    9L, 9L, 9L, 9L, 10L, 10L, 10L, 10L), value = c(-0.468920099229389, 
    0.996105987531978, -0.527496444770932, -0.767851702991822, 
    -0.36077954422072, -0.145335912847538, 0.114951323188032, 
    0.644232124274217, 0.971443502096584, 0.774515290180507, 
    -0.436252398260595, -0.111174676975868, 1.16095688943808, 
    0.44677656465583, -0.708779168274131, 0.460296447139761, 
    -0.475304748445917, -0.481548436194392, -1.66560630161765, 
    -2.06055347675196), na = c(FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
    FALSE, FALSE, FALSE, TRUE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
    FALSE, FALSE, TRUE, FALSE, FALSE, FALSE)), .Names = c("Var1", 
"Var2", "value", "na"), row.names = c(51L, 52L, 53L, 54L, 61L, 
62L, 63L, 64L, 71L, 72L, 73L, 74L, 81L, 82L, 83L, 84L, 91L, 92L, 
93L, 94L), class = "data.frame")

Answer 1

2 つの可能なアプローチを次に示します。

例 1 では、 と を使用ifelseしscale_size_manualて、各セルに点をプロットするかどうかを制御しました。

例 2 では、小さな補助的な data.frame を作成しgeom_rect、ドットの代わりに四角形をプロットするために使用しました。便宜上、Var2 を factor に変換しました。ggplot2 では、離散/因子軸に沿った各ステップの長さは 1.0 です。これにより、 の値を簡単に計算できますgeom_rect。

# Using ggplot2 version 0.9.2.1
library(ggplot2)

# Test dataset from original post has been assigned to 'molten'.

molten$Var2 = factor(molten$Var2)

# Example 1.
p1 = ggplot(data=molten, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) +
     geom_raster() +
     scale_fill_gradient2(low="blue", high="red", na.value="black", name="") +
     geom_point(aes(size=ifelse(na, "dot", "no_dot"))) +
     scale_size_manual(values=c(dot=6, no_dot=NA), guide="none") +
     labs(title="Example 1")

ggsave(plot=p1, filename="plot_1.png", height=3, width=3.5) 

# Example 2.
# Create auxiliary data.frame.
frames = molten[molten$na, c("Var1", "Var2")]
frames$Var1 = as.integer(frames$Var1)
frames$Var2 = as.integer(frames$Var2)

p2 = ggplot(data=molten) +
     geom_raster(aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) +
     scale_fill_gradient2(low="blue", high="red", na.value="black", name="") +
     geom_rect(data=frames, size=1, fill=NA, colour="black",
       aes(xmin=Var1 - 0.5, xmax=Var1 + 0.5, ymin=Var2 - 0.5, ymax=Var2 + 0.5)) +
     labs(title="Example 2")

ggsave(plot=p2, filename="plot_2.png", height=3, width=3.5) 

Answer 2

@joran がコメントで提案したように、データのサブセットを特定のレイヤーに渡すことができます。

サンプルデータの使用

g <- ggplot( molten ) +
  geom_raster( aes( x = Var1, y = Var2, fill = value )  ) + 
  scale_fill_gradient2( low = "blue", high = "red", na.value="black", name = "" ) +
  geom_point(data = molten[molten$na,], aes( x = Var1, y = Var2, size= as.numeric(na) ) )


g

ドットが何を意味するかについて凡例に何かを伝えたい場合

 g <- ggplot( molten ) +
  geom_raster( aes( x = Var1, y = Var2, fill = value )  ) + 
  scale_fill_gradient2( low = "blue", high = "red", na.value="black", name = "" ) +
  geom_point(data = molten[molten$na,], aes( x = Var1, y = Var2, colour = 'black' )) +
  scale_colour_manual(name = 'Ooh look', values = 'black', labels = 'Something cool')