LinuxオペレーティングシステムでRバージョン2.15を使用しています。次のように、遺伝子IDとそれらの特定の信号強度値で構成されるマトリックスがあります（マトリックス全体のサブセット）：
probes GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192
244901 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903 5.412329253 5.352970877 5.06250609 5.305709079 8.365082403
244904 5.529220594 5.28134657 5.467445095 5.62968933 5.458388909
244905 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836
次のように最初の列のみを抽出したいと思います: ids <- scr[,2] そして、 factor[2368] を得ました
そして、次のように注釈に進みました。
biocLite("GO.db")
library("AnnotationDbi")
biocLite("org.At.tair.db")
biocLite("ath1121501.db").
genenames <- org.At.tairGENENAME[ids] #map the probe ids to the gene names in TAIR
The output of which is AnnDbBiMap[1]
number<-org.At.tairENTREZID[ids] #map the probe ids to the gene ids in TAIR
The output of which is AnnDbBiMap[1]
And then I try to merge both the lists as :
xx<-toTable(entrez)
yy<-toTable(number)
complete<-merge(xx,yy)
このステップでエラーが発生し、先に進むことができません。エラーの内容は次のとおりです。
Error in fix.by(by.y.y): 'by' must specify uniquely valid column(s)
ids <- scr[,1] が要因だからですか？