@antonydenyerの答えに追加するだけです。彼のソリューションは、owinとservicestack3を組み合わせた場合にも機能するようです。
<handlers>
<add path="auth/*" name="Microsoft.Owin.Host.SystemWeb" type="Microsoft.Owin.Host.SystemWeb.OwinHttpHandler, Microsoft.Owin.Host.SystemWeb" verb="*" preCondition="integratedMode" resourceType="Unspecified" allowPathInfo="true" />
<add path="*" name="ServiceStack.Factory" type="ServiceStack.WebHost.Endpoints.ServiceStackHttpHandlerFactory, ServiceStack" verb="*" preCondition="integratedMode" resourceType="Unspecified" allowPathInfo="true" />
</handlers>
ここで、SSは/authを除くすべての要求を処理しています。Authはowinを使用してIdentityserver3にマップされます。