このコマンドを実行しています
ffmpeg -i "video_in.mp4" -vf "movie=watermark.png [watermark]; [in][watermark] overlay=main_w/2-overlay_w/2:main_h/2-overlay_h/2 [out]" outputvideo.mp4
また試した
/usr/local/bin/ffmpeg -i "video_in.mp4" -vf "movie=watermark.png [watermark]; [in][watermark] overlay=main_w/2-overlay_w/2:main_h/2-overlay_h/2 [out]" outputvideo.mp4
エラー：ffmpegの認識されないオプション'-vf'
ffmpegのバージョンが古すぎます。少なくともバージョン0.7が必要です。
-vfは、古いffmpegバージョンで使用されていた古い-vhookフラグを置き換えます。libavfilterの作業は、2007年にGoogle Summer of Codeプロジェクトとして開始され、現在はメインラインのffmpegに統合されています。
参照： http： //ffmpeg.org/pipermail/ffmpeg-user/2011-July/001545.html
あなたのエラーは、「-vf」はffmpegにとって何の意味もないということです。使用する予定のオプション（-f、-v、-vn）はわかりませんが、マニュアルページをチェックして、意図しているものを確認してください。
man ffmpeg
マニュアルページへのリンクは次のとおりです：http： //linux.die.net/man/1/ffmpeg