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xcmsRawオブジェクトから保持時間のリスト/配列を取得する簡単な方法はありますか？

サンプルコード：

xraw <- xcmsRaw(cdfFile)

したがって、たとえば、そこから情報を取得します。

xraw@env$intensity

また

xraw@env$mz
4

2 に答える 2

2

xcmsRawインスタンスで使用可能なスロットを確認するには、

> slotNames(xraw)
 [1] "env"                   "tic"                   "scantime"             
 [4] "scanindex"             "polarity"              "acquisitionNum"       
 [7] "profmethod"            "profparam"             "mzrange"              
[10] "gradient"              "msnScanindex"          "msnAcquisitionNum"    
[13] "msnPrecursorScan"      "msnLevel"              "msnRt"                
[16] "msnPrecursorMz"        "msnPrecursorIntensity" "msnPrecursorCharge"   
[19] "msnCollisionEnergy"    "filepath"

あなたが望むのはxraw@msnRt- それはのvectorですnumeric。

スロットは、env3 つの変数を格納する環境です。

> ls(xraw@env)
[1] "intensity" "mz"        "profile"

クラス自体の詳細については、 を参照してくださいclass?xcmsRaw。

編集:スロットは、msnRt指定した場合にのみincludeMSn = TRUE入力され、入力ファイルはではなくmzXMLまたはにある必要があります。の例を使用すると、mzMLcdffaahKO?xcmasRaw

xr <- xcmsRaw(cdffiles[1], includeMSn = TRUE)
Warning message:
In xcmsRaw(cdffiles[1], includeMSn = TRUE) :
  Reading of MSn spectra for NetCDF not supported

また、xr@msnRtMSn スキャンの保持時間のみを保存しますn > 1。によって提供される未処理/修正済み MS1 保持時間のインスタンスは、xset@rtどこにあるかを参照してください。xsetxcmsSetxcms

EDIT2：または、mzRパッケージを試してみてください

> library(mzR)
> cdffiles[1]
[2] "/home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF"
> xx <- openMSfile(cdffiles[1])
> xx
Mass Spectrometry file handle.
Filename:  /home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF 
Number of scans:  1278 
> hd <- header(xx)
> names(hd)
 [1] "seqNum"                   "acquisitionNum"          
 [3] "msLevel"                  "peaksCount"              
 [5] "totIonCurrent"            "retentionTime"           
 [7] "basePeakMZ"               "basePeakIntensity"       
 [9] "collisionEnergy"          "ionisationEnergy"        
[11] "highMZ"                   "precursorScanNum"        
[13] "precursorMZ"              "precursorCharge"         
[15] "precursorIntensity"       "mergedScan"              
[17] "mergedResultScanNum"      "mergedResultStartScanNum"
[19] "mergedResultEndScanNum"  
> class(hd)
[1] "data.frame"
> dim(hd)
[1] 1278   19

ただし、このルートを選択すると、デフォルトのxcmsパイプラインの外になります (ただし、 の Steffen Neumann は、明らかによくxcms知っていmzRます)。

最後に、開発者からフィードバックを得る機会を最大限にしたい場合は、オンライン フォーラムの Bioconductorメーリング リストを使用することをお勧めします。xcmsxcms

お役に立てれば。

于 2012-11-10T20:12:40.617 に答える
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良い答えですが、私はこれを探していました:

xraw <- xcmsRaw(cdfFile)
dp_index <- which(duplicated(rawMat(xraw)[,1]))
xraw_rt_dp <- rawMat(xraw)[,1]
xrawData.rt <- xraw_rt_dp[-dp_index]

今 ：

xrawData.rt #contains the retention time.

観察 --> mzr パッケージを使用:

nc     <- mzR:::netCDFOpen(cdfFile)
ncData <- mzR:::netCDFRawData(nc)
mzR:::netCDFClose(nc)

ncData$rt #contains the same retention time for the same input !!!
于 2012-11-16T01:03:04.717 に答える