これはバグかもしれませんが、私が見逃しているパンダの微妙な点かもしれません。2つのデータフレームを組み合わせていますが、結果のインデックスが並べ替えられていません。奇妙なことに、以前にソートされたインデックスを維持できなかったcombine_firstのインスタンスを1つも見たことがありません。
>>> a1
X Y
DateTime
2012-11-06 16:00:11.477563 8 80
2012-11-06 16:00:11.477563 8 63
>>> a2
X Y
DateTime
2012-11-06 15:11:09.006507 1 37
2012-11-06 15:11:09.006507 1 36
>>> a1.combine_first(a2)
X Y
DateTime
2012-11-06 16:00:11.477563 8 80
2012-11-06 16:00:11.477563 8 63
2012-11-06 15:11:09.006507 1 37
2012-11-06 15:11:09.006507 1 36
>>> a2.combine_first(a1)
X Y
DateTime
2012-11-06 16:00:11.477563 8 80
2012-11-06 16:00:11.477563 8 63
2012-11-06 15:11:09.006507 1 37
2012-11-06 15:11:09.006507 1 36
再現できるので、喜んでご提案させていただきます。何が起こっているかについての推測は大歓迎です。