map-reduce アプリ用のカスタム jar を作成し、Amazon EMR ジョブ フローで実行してみました。Hadoop 1.0.4 でコードをコンパイルしましたが、Amazon EMR は Hadoop 1.0.3 をサポートしています。また、jdk 1.7 でコードをコンパイルしましたが、Amazon EMR が使用する Java のバージョンと、それをどこで変更できるかわかりません。
ここにスタックトレースがあります
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: com/test/GWASMapReduce : Unsupported major.minor version 51.0
at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
at java.lang.ClassLoader.defineClassCond(ClassLoader.java:631)
at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:615)
at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:141)
at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:283)
at java.net.URLClassLoader.access$000(URLClassLoader.java:58)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:197)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:190)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:306)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:247)
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Class.java:247)
at org.apache.hadoop.util.RunJar.main(RunJar.java:180)